由于历代医家对于《金匮要略》一书的重视程度远不及《伤寒论》，所以在历史上本书曾经几度濒于失传，同时对于本书进行的修改、调整的情况也明显少于《伤寒论》。现存的版本不仅在种类上较少，而且在内容上，不同版本之间的差异也不象《伤寒论》那么复杂。目前所能见到的版本大致可分“大字本系”和“小字本系”两大类，共六个版本。

宋代校正医书局在校正完《伤寒论》和《金匮玉函经》之后，又将《金匮玉函要略方》中的“杂病”部分进行了整理校正并成书刊行，即今天所见的《金匮要略》。最初该书与《伤寒论》同样以大字本的版式予以刊行，但是之后发现由于价格昂贵而致发行量很少。因此，三十多年后又重新排版刊行了小字本。其中《伤寒论》一书的大字本版式已失传，而《金匮要略》则两种版式的版本均有流传。以元代的《邓珍本》为代表的，包括明代的《无名氏本》《俞桥本》《徐镕本》《赵开美本》都属于大字本系版本，而近期发现的《吴迁本》则是小字本系版本。在大字系版本中以《邓珍本》为最佳，故一直被历代医家视为学习的范本，而《吴迁本》的发现则会对这一局面产生一定的影响，给学习《金匮要略》带来新的参照内容，可惜至今此版本因发现的时间较短等原因仍未能引起足够的重视。

《吴迁本》是2007年8月由日本学者真柳诚教授于上海图书馆所发现的一个《金匮要略》版本，是目前所知道的唯一的一个宋代刊行的小字本系传本。此书系明洪武二十八年由吴迁抄录的祝均实所藏古本《金匮要略方》一书的手抄本，后历经辗转收藏直到近期才被发现，这在经方著作的传承史上不能不说是一个奇迹！

宋代林亿等人最初校正《金匮要略》时，此书已是被虫蛀的“蠹简”，书中文字内容必然会有残缺，虽然经过了林亿等人认真的校勘和补充，但仍存在一些较明显的不够完善或不合逻辑之处，这从以《邓珍本》为代表的大字本系版本中皆能反应出来。但是作为小字本系的《吴迁本》则是在大字本发行几十年后又经重新校正排版刊行的，这期间校正者很可能又找到了新的版本或是新的参考资料（后者的可能性更大），所以在重版时又进行了修订完善。对照《邓珍本》总体内容上并没有质的区别，不象《伤寒论》一书那样，不同的版本之间存在巨大的差异。但是与《邓珍本》在文字和段落上的差异仍多达近两千处！可以说几乎是全方位的。在名称上存在书名、篇名、方名、药名等不同，在次序上存在署名、篇目、脉证、方剂、药物等参差，在方剂上存在药味多寡之差、计量轻重之别、制法用法之异，等等。《吴迁本》的学术价值主要表现在以下几个方面：

第一，可以纠正《邓珍本》中的诸多文字上的错误。

第二，可以澄清《邓珍本》在条文内容上的一些模棱不清或逻辑上不通的情况。

第三，可以校正《邓珍本》某些方剂中存在的药量、药味中的一些存疑的问题。

虽然《吴迁本》在诸多方面都要较《邓珍本》完善，但若是细品，则明显有修饰过度的痕迹，所以在学习中还是以与《邓珍本》互参为妥。